Les espèces migratrices présentes sur le bassin de la Loire peuvent être séparées en deux catégories :
- les espèces thalassotoques (ou catadromes) : il s'agit de poissons amphihalins se reproduisant en mer. L'espèce emblématique sur la Loire est l'anguille européenne (Anguilla anguilla) mais d'autres espèces thalassotoques sont présentes sur le bassin telles que le mulet porc et le flet (à noter que ce dernier se cantonne aux zones estuariennes),
- les espèces potamotoques (ou anadromes) : il s'agit des poissons amphihalins venant se reproduire dans les cours d'eau. L'espèce emblématique sur le bassin est le saumon atlantique (Salmo salar) mais il y en a bien d'autres comme les aloses (grande alose et alose feinte), les lamproies (lamproie marine et fluviatile), la truite de mer et l'éperlan (ce dernier reste majoritairement dans les zones estuariennes).
Seuls le saumon atlantique, l'anguille européenne, les deux espèces d'aloses et de lamproies et la truite de mer font aujourd'hui l'objet d'attention particulière en matière de gestion.
En effet, la gestion de ces espèces est encadrée par les dispositions des articles R.436-44 à R.436-68 du code de l'environnement, un règlement européen "Anguille", des programmes en faveur de leur restauration (Plan Loire Grandeur Nature, contracts de rivière), des documents de cadrage (Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion des Eaux -SDAGE) et des plan de gestion (Plan de Gestion des Poissons Migrateurs-PLAGEPOMI).




