Les modalités de gestion de ces espèces sont définies dans un plan de gestion des poissons migrateurs (PLAGEPOMI), arrêté par le Préfet de région, Président du COGEPOMI.Ce plan définit les mesures utiles à la reproduction, au développement, à la conservation et à la circulation des espèces, les plans de soutien d’effectifs ainsi que les conditions d’exercice de la pêche (périodes et autorisations) (articles R. 436-45 à R. 436-54 du Code de l’environnement).
Le PLAGEPOMI « anguille, saumon, aloses, lamproies, truite de mer » 2014 – 2019 a été validé par le COGEPOMI fin 2013 et arrêté par le préfet de la région Pays de la Loire le 20 février 2014.
Le plan Saumon-Loire-Allier 2014 – 2019 fait désormais partie intégrante du PLAGEPOMI.