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Le décret amphihalins de 1994 a décentralisé la gestion des poissons migrateurs au niveau de chaque bassin fluvial et l’a confié au COmité de GEstion des POissons MIgrateurs (COGEPOMI). Dans ce contexte, les pêcheurs ont donc créé les structures adéquates pour répondre à cette nouvelle organisation afin de réaliser les opérations de gestion des poissons migrateurs définies par ce COGEPOMI.
Les associations « migrateurs » assurent la maîtrise d’ouvrage d’opérations prévues par les plans de gestion des poissons migrateurs. Les associations « migrateurs » sont donc en charge de la réalisation du Plan de gestion des Poissons Migrateurs de la même façon que les Fédérations de Pêche et de protection du milieu aquatique sont en charge de la gestion des autres espèces dans le cadre des Plans Départementaux de Protection des milieux aquatiques et de Gestion des ressources piscicoles (PDPG).
L’association LOGRAMI a donc vu le jour sous l’impulsion de l’ensemble des fédérations de pêche du bassin, des associations de pêcheurs professionnels et de quelques associations qui ont souhaité se regrouper afin de travailler en synergie pour la gestion et la restauration des poissons migrateurs du bassin de la Loire.
Les activités de l’association se sont développées de façon importante à partir de 1996 avec l’embauche des premiers salariés pour la réalisation de missions en relation avec les objectifs de LOGRAMI. Cette démarche a été soutenue par l’ex-Conseil Supérieur de la Pêche (désormais ONEMA), Etablissement Public sous tutelle du Ministère de l’Ecologie, qui souhaitait que ce type de structures associatives assure la maîtrise d’ouvrage et la maîtrise d’œuvre des opérations en faveur des poissons migrateurs puisque son statut le lui permettait.